La temporada de 1998 fue histórica para SEAT. Consiguío su tercer título mundial consecutivo en la categoría de 2 litros con Harri Rovanperä, Oriol Gómez, Toni Gardemeister, Jörgen Jonasson y Gwyndaf Evans como pilotos, e hizo debutar el SEAT Córdoba WRC en Finlandia. Además consiguió el primer punto con el WRC en el Rally RAC de Gran Bretaña.
SEAT participó en 1999 en el Campeonato del Mundo de Rallies con el Córdoba WRC pilotado por Piero Liatti y Harri Rovanperä. Consiguió su primer scratch en el tramo más famoso del Rally de Montecarlo: el Col de Turini. Harri Rovanperä fue el más rápido en el Channel 4 Rally (Finlandia) con el Córdoba WRC E2. En el Rally de Nueva Zelanda, Toni Gardemeister logró el primer podium para el SEAT WRC. Debutó oficialmente el SEAT Córdoba WRC E2 en el Rally de Finlandia, finalizando en quinta y sexta posiciones de la general (Rovanperä y Gardemeister). Primera participación en China, donde el equipo de SEAT sumó más puntos gracias al quinto puesto de Rovanperä. SEAT Sport cerraba la temporada con un fantástico tercer puesto de Rovanperä en la última prueba del calendario, el Rally de Gran Bretaña. Como colofón, se anunciaba el fichaje del piloto francés Didier Auriol, que se unía al finlandés Gardemeister para conducir los Córdoba WRC E2 la siguiente temporada.
La del 2000 que comenzó en Montecarlo, donde Gardemeister terminó cuarto después de estar luchando desde el primer tramo contra los coches más rápidos. En Kenya, el rally más duro del calendario, SEAT conseguía el primer podium de la temporada. Auriol llevó el Córdoba WRC a la tercera posición, consiguiendo el scratch en las dos pasadas por el tramo más rápido de la prueba. En Finlandia, SEAT debutó con la tercera evolución del Córdoba, denominado E3. Antes de la siguiente prueba, el Rallye de Chipre, SEAT anunciaba que en el 2001 no estaría presente en el Campeonato del Mundo de Rallies, para centrarse en una nueva y más ambiciosa actividad: fabricar series limitadas de coches especiales. En el Salón de Birmimgham, SEAT Sport presentaba el primer producto de altas prestaciones, el Ibiza Cupra R. El año terminaba con una impresionante inscripción de SEAT en el RAC. Los cuatro pilotos más ligados a la marca española, Auriol, Gardemeister, Rovanperä y Evans condujeron los Córdoba WRC.
A principios de 2001, SEAT presentó un programa deportivo que abordaron los dos equipos oficiales de la marca española y que se centró en los Campeonatos de España de Rallies de Asfalto y de Tierra. Después de una brillante temporada, Marc Blázquez se proclamó campeón de rallies de tierra con el equipo SEAT Repsol YPF , mientras Cañellas se hizo con el subcampeonato de rallies de asfalto con el equipo SEAT Telefónica MoviStar, ambos al volante del SEAT Córdoba WRC.
La temporada 2002, significaba la vuelta de SEAT a la competición en circuito con la organización de la Supercopa SEAT León que se disputaba en circuitos de España y Portugal. Esta competición alcanzó un notable éxito en su primer año de celebración. De participación, nivel de pilotaje, eco de los aficionados y cobertura mediática. Alfredo Mostajo fue el gran dominador de la primera mitad del campeonato pero fue Joan Vinyes el más eficaz en la segunda parte y vencedor final de la Supercopa.
El año 2003 representó un hito importante para SEAT Sport con el regreso a la competición internacional de alto nivel. Con Jordi Gené y Frank Diefenbacher como pilotos, el SEAT Toledo Cupra consiguió actuaciones prometedoras en su primer año en el certamen. A nivel nacional, SEAT logró con el Toledo GT un magnífico triunfo en el Campeonato de España de la especialidad y la Supercopa SEAT León demostró un alto nivel de competitividad con Luis Miguel Reyes como vencedor final.
En 2004 SEAT consiguió su primera victoria en el Campeonato de Europa de Turismos, superando sus previsiones y convirtiendo al Toledo Cupra en uno de los protagonistas del campeonato, logrando además de la victoria en Oschersleben cuatro podiums, dos pole position y tres vueltas rápidas gracias a Rickard Rydell, Jordi Gené y Frank Diefenbacher. La actividad internacional de la marca resultó especialmente destacada en el BTCC, uno de los campeonatos de turismos de mayor prestigio en el continente. Los pilotos de SEAT Sport UK Jason Plato y Robert Huff lograron nueve victorias consiguiendo Plato el tercer puesto final en el campeonato.
La Supercopa León también fue protagonista en diversos países. Marc Carol ganó en España, James Pickford en Inglaterra y Sebastian Stahl en Alemania, y Turquía se añadió al grupo de países que acogen el certamen. Portugal con la Vodafone Cup también dio a los SEAT León una notable presencia en circuitos durante el 2004, año en el que debutó en el Campeonato de España el SEAT Cupra GT.
En 2005 SEAT continuó su participación en el WTCC consiguiendo un total de tres victorias, dos con el SEAT Toledo, pilotado por Rickard Rydell en Silverstone y por Peter Terting en Puebla. Paralelamente, el equipo preparaba dos debuts simultáneos, el del SEAT León WTCC y el del León Supercopa.
En Oschersleben aparecía el León pilotado por Jordi Gené, que llevaría el coche a la victoria pocas semanas después, en la tercera carrera del nuevo coche, ganando en la prueba puntuable de Valencia. En esta misma carrera debutaban otras dos unidades del León, confirmando que era el coche del futuro para SEAT Sport.
Al mismo tiempo que la Supercopa SEAT León seguía siendo protagonista en Gran Bretaña, Alemania, Turquía y España, SEAT Sport preparaba el nuevo León destinado a la Supercopa, que sería presentado oficialmente en la última carrera del campeonato español, celebrada en el Circuit de Catalunya y que vería a Oscar Nogués proclamarse Vencedor. En dicha carrera se celebró también el European Master, que reunió a los cuatro mejores clasificados de cada una de las Supercopas, y que vio a Florian Gruber como ganador.
La progresión del SEAT León no se detuvo en 2006, y la marca empezó a cosechar éxitos, el más sonoro de los cuales fue la consecución del Campeonato Británico de Turismos, al imponerse en la clasificación de constructores. Al mismo tiempo SEAT fue una de las grandes protagonistas en el Mundial, donde acabó en segunda posición tras una reñida temporada que no decidió los títulos hasta la última prueba.
En dicha carrera no menos de nueve pilotos y dos marcas podían ser campeones, y SEAT acabó el Mundial como Subcampeón de Constructores. El balance fue altamente satisfactorio, pues se consiguieron tres victorias, con Yvan Muller en Brands Hatch, Jordi Gené en Curitiba y Gabriele Tarquini en Estambul. Además se consiguieron cinco pole position, ocho vueltas rápidas y un total de veintidós podiums.
Alguno de los momentos más brillantes de la temporada se dieron en Brands Hatch, cuando tres SEAT León coparon al completo el podium, con Peter Terting y James Thompson acompañando al ganador. En la carrera celebrada en España, en el circuito de Cheste, Tom Coronel dio a SEAT el Trofeo Yokohama para Pilotos Independientes. Este Título se suma a los Campeonatos nacionales de Finlandia e Italia, ganados respectivamente por Ali Laivola y por Roberto Colciago, y al Campeonato Europeo, que vio el doblete de Ryan Sharp y Emmet O'Brien.
También la Supercopa SEAT León siguió compitiendo en Gran Bretaña, Turquía, Alemania, y por supuesto España. El certamen en estos dos últimos países se hizo ya con el nuevo León, que demostró su competitividad, y con el número máximo de inscritos cubierto, dio lugar a certámenes competidos y espectaculares.
En 2007 SEAT Sport siguió compitiendo en el Campeonato del Mundo de Turismos con un equipo oficial de cinco pilotos: Jordi Gené, Michel Jourdain Jr., Tiago Monteiro, Yvan Muller y Gabriele Tarquini. La temporada se inició con el SEAT León WTCC, que obtuvo una victoria en la carrera de Zandvoort, con Tarquini al volante. Pero el gran momento de la temporada llegó a mediados de la misma, cuando SEAT Sport hizo debutar el nuevo SEAT León TDI WTCC en Anderstorp, Suecia. En la segunda cita del nuevo modelo, en el circuito alemán de Oschersleben, Yvan Muller consiguió un resultado histórico, al llevar a la victoria su SEAT León TDI: por primera vez en la historia de los Campeonatos del Mundo de la FIA, un coche con motor diesel conseguía la victoria.
Este resultado se vio acompañado por otras victorias del mismo Muller y de Gené en Monza, que permitió al piloto francés y a la marca española acabar como subcampeones en los campeonatos de Pilotos y Constructores del WTCC.
Al mismo tiempo, SEAT seguía cosechando éxitos como su segundo Campeonato de Europa consecutivo, la victoria y el protagonismo en diversos campeonatos nacionales como Italia y Finlandia, además de ganar, entre otras, las 24 Horas de Barcelona, todo ello dentro de la modalidad de turismos, categoría en la que SEAT está firmemente consolidada.